Le département de Santé Animale de l'Institut, dirigé par Muriel Vayssier-Taussat, étudie les interactions entre la santé animale et humaine. “Pour préserver la santé de l'Homme, une des voies est de préserver la santé animale” explique-t-elle. Mais cette protection ne doit pas être menée n'importe comment. Ces dernières années, il a été observé que la résistance aux antibiotiques avait largement augmenté chez de nombreux animaux dû à un usage massif. Ceci contribue à l'apparition de nouveaux virus plus résistants et donc potentiellement plus facilement transmissibles à l'Homme. L'unité Génétique Animale et Biologie Intégrative, dirigée par Claire Rogel-Gaillard, se consacre à l'étude de la diversité génomique en élevage, et son lien avec les santés : “Comment sélectionner des animaux qui vont être en bonne santé [...] tout en limitant l'usage d'anti-infectieux et en réduisant l'empreinte environnementale ? Il y a en fait un lien assez fort entre la durabilité des systèmes d'élevage et la santé des Hommes et animaux de la Terre.” A l'aide de travaux sur la variabilité individuelle des réponses immunitaires (aux maladies et aux vaccins) sur les animaux d'élevage, Mme Rogel-Gaillard explique qu'il “n'existe pas d'animal complètement optimal dans toutes les conditions et dans tous les environnements [...]. Une génétique optimale dans un environnement peut ne pas être optimale dans un autre.” 

“Le mouvement One Health (“une seule santé”), initié au début des années 2000, fait suite à la recrudescence et à l'émergence de maladies infectieuses, en raison notamment de la mondialisation des échanges. Le principe [de One Health] est simple : la protection de la santé de l'Homme passe par la santé de l'animal et celle de l'ensemble des écosystèmes”, peut-on lire sur le site de l'Inrae. Alors que nous traversons une période de pandémie mondiale, comme l'explique Philippe Mauguin, PDG de l'Inrae, il est important de rappeler que 60 % des maladies infectieuses humaines proviennent du monde animal : c'est la zoonose. De plus, 70 % de ces maladies nous sont transmises par les animaux sauvages. L'objectif de cet Institut qui a vu le jour en janvier 2020, au travers de One Health, est de démontrer le lien entre la dégradation de la biodiversité et l'émergence de ces nouvelles zoonoses. Pour cela, plusieurs départements et unités de recherche de l'Inrae consacrent leurs études aux facteurs de dégradation et des pressions imposées sur l'ensemble des écosystèmes. “La problématique des conséquences directes et indirectes de différents facteurs de l'environnement sur les santés [...] est un sujet de préoccupation pour l'Inrae”, explique Thierry Caquet, Directeur Scientifique-Environnement de l'Institut.
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